Sistem Penjaminan Mutu Eksternal (SPME) merupakan bagian integral dari upaya Universitas Jenderal Achmad Yani Yogyakarta dalam menjamin mutu penyelenggaraan pendidikan tinggi melalui akreditasi institusi dan program studi yang dilakukan oleh lembaga eksternal yang berwenang. SPME di UNJAYA tidak berdiri sendiri, tetapi merupakan kelanjutan logis dan pengakuan eksternal atas efektivitas pelaksanaan Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI). Oleh karena itu, seluruh proses SPME dilandaskan pada hasil implementasi siklus PPEPP yang konsisten, terdokumentasi, dan berkelanjutan.