Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) Universitas Jenderal Achmad Yani Yogyakarta merupakan unit strategis di tingkat universitas yang bertanggung jawab dalam perencanaan, pelaksanaan, evaluasi, pengendalian, dan peningkatan Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) secara berkelanjutan. LPM Unjaya berperan sebagai penggerak utama dalam membangun dan menjaga budaya mutu di seluruh unit kerja universitas, guna menjamin terselenggaranya Tridharma Perguruan Tinggi pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat yang bermutu, akuntabel, dan berdaya saing.